SHHTni tashkil etish toʻgʻrisida Deklaratsiyada Tashkilot organlarining aniq tuzilishi belgilanmagan boʻlib, unda faqat davlat rahbarlarining har yillik uchrashuvlari, hukumat rahbarlarining muntazam yigʻilishlarini oʻtkazish, milliy koordinatorlar kengashini tashkil etish va boshqa mexanizmlarni shakllantirish imkoniyatlari koʻzda tutilgan.
Xartiyaga muvofiq SHHTning asosiy organlari quyidagilardan iborat:
Davlat rahbarlari kengashi – SHHTning oliy organi boʻlib, bir yilda bir marta yigʻiladi;
Hukumat rahbarlari kengashi – eng avvalo, budjet va iqtisodiy masalalar uchun masʼul boʻlib, bir yilda bir marta yigʻiladi;
TIV rahbarlari kengashi – SHHTning joriy faoliyatini oʻrganadi;
Milliy koordinatorlar kengashi – SHHTning joriy faoliyatini muvofiqlashtiradi va boshqaradi (hamkorlikni muvofiqlashtirish va vakolatli davlat vazirliklari va idoralarining oʻzaro munosabatlarini tashkil etish), yiliga 3 marta yigʻiladi;
SHHTning mintaqaviy aksilterror tuzilmasi (MATT) – terrorizm, separatizm va ekstremizmga qarshi kurashishni muvofiqlashtirishga moʻljallangan, doimiy faoliyat yurituvchi organ;
Kotibiyat – asosiy doimiy faoliyat yurituvchi ijrochi organ. Pekin shahrida joylashgan. 2022 yil 1 yanvardan buyon XXR vakili – Chjan Min bosh kotib lavozimida ishlaydi.
2001 yildan buyon SHHT davlat rahbarlari kengashining 21 ta majlisi boʻlib oʻtdi. Navbatdagi sammit Oʻzbekiston raisligida 2022 yil
15-16 sentabr kunlari Samarqand shahrida boʻlib oʻtadi.
Shuningdek, SHHTda muntazam ravishda tarmoq vazirlik va idoralar rahbarlarining yigʻilishlarini oʻtkazish imkoniyati koʻrib chiqilmoqda.